W maju 1990 ożenił się z Jan Charteris. Na przyjęciu weselnym wystąpił w jam session wraz z trójką żyjących członków Led Zeppelin. Jason i Jan mają syna o imieniu Jager i córkę Jaz. Bonham grał dla Paula Rodgersa w projekcie Muddy Water Blues: A Tribute to Muddy Waters, który uzyskał nagrodę Grammy. W 1994 pojawił się na festiwalu Woodstock II u boku Slasha i Paula Rodgersa. Bonham ponownie zebrał swój stary zespół, tym razem z nowym wokalistą i pod nową nazwą Motherland. W 1994 roku wydali album Peace 4 Me.
W 1995 reprezentował swego ojca podczas ceremonii przyjęcia Led Zeppelin do Rock and Roll Hall of Fame. Wkrótce Bonham nagrał kolejny album solowy – tym razem zawierający piosenki Led Zeppelin – In the Name of My Father – The Zepset – Live from Electric Ladyland. Dochody z jego sprzedaży zostały przekazane na cele charytatywne.
W latach 1999–2003 był perkusistą zespołu Healing Sixes.
Pojawił się w filmie Rock Star. Grający w nim zespół „Steel Dragon” nagrał utwory z filmu i ścieżki dźwiękowej. Później Jason Bonham odbył tournée z Debbie Bonham, młodszą siostrą Johna Bonhama. Ostatnio zaproszony do grania w hardrockowym zespole UFO. W 2006 nagrał album z Joe Bonamassą. Grał również w grupie Foreigner.