Zdał maturę w 1947 roku i rozpoczął studia na Akademii Wychowania Fizycznego w Warszawie. Wówczas też związał się z Chorągwią Mazowiecką ZHP i pracował z trudną młodzieżą w świetlicach środowiskowych. Z powodu jego konspiracyjnej przeszłości, ujawnionej przez UB w 1950 roku otrzymał nakaz pracy w Łodzi bez możliwości powrotu do Łowicza. Początkowo został zatrudniony jako trener w powstającej dopiero Hali Sportowej, jednakże nie miała ona jeszcze fundamentów, a zapotrzebowanie na nauczycieli wychowania fizycznego było duże, więc Jerzy Miecznikowski otrzymał posadę nauczyciela w-fu w Szkole Filmowej i w szkole nr 6 Towarzystwa Przyjaciół Dzieci (późniejsze XXVI Liceum Ogólnokształcące).
Został aresztowany razem z Marianem Szymańskim i Zbigniewem Feretem w kwietniu 1952 roku, gdy w wyniku donosu zdekonspirowany został skład broni w Dąbrówce. Przez rok przebywał w areszcie Miejskiego Urzędu Bezpieczeństwa w Łodzi przy ul. Kopernika. Wojskowy Sąd Rejonowy skazał go na 12 lat więzienia. Miecznikowski karę odbywał w Sieradzu, następnie w Goleniowie i Nowogardzie. Na wolność wyszedł w 1955 roku. Powrócił wtedy do pracy w dawnej szkole, gdzie jeszcze przed Zjazdem Łódzkim ZHP rozpoczął pracę z młodzieżą harcerską metodami przedwojennymi.