Prusy przystąpiły również do blokady handlowej przeciwko Wielkiej Brytanii.
Choć nieudolny król po przegranej wojnie z rezygnacją pozostawił państwo swojemu losowi, grupa ministrów (August von Gneisenau, Karl August von Hardenberg, Gerhard von Scharnhorst, Heinrich vom Stein), przy życzliwym wsparciu i zachęcie królowej Luizy przeprowadziła pewne reformy społeczne, administracyjne i wojskowe. Reformy spowolniła śmierć królowej w 1810 roku. 30 października 1810 r. Fryderyk Wilhelm wydał dekret znoszący klasztory w całym państwie. Wykonano go najszybciej na Śląsku. Zamknięcie klasztorów franciszkańskich na Górze św. Anny i w Gliwicach przyczyniło się do osłabienia polskości na Górnym Śląsku.
W roku 1811 w Królewcu z jego rozkazu dokonano zniszczenia insygniów koronacyjnych królów polskich, wykradzionych w 1795 r. ze skarbca na Wawelu, które następnie przetopiono na monety.