W 1995 r. powrócił do Gruzji i przy poparciu Zuraba Żwanii, wstąpił do popierającego Edwarda Szewardnadze Związku Obywatelskiego. Rok później został posłem. W 1998 r. został przewodniczącym klubu poselskiego Związku Obywatelskiego. W 2000 r., z nadania prezydenta Szewardnadzego, został ministrem sprawiedliwości. Z funkcji tej zrezygnował w 2001 r., kiedy zarzucił najwyższym politykom korupcję. Wówczas wystąpił również ze Związku Obywatelskiego. Przeszedł do opozycji i założył własną partię Zjednoczony Ruch Narodowy, która wygrała wybory samorządowe w Tbilisi w 2002 r. Pełnił funkcję przewodniczącego rady miasta.
Prezydentura W listopadzie 2003, wraz z Zurabem Żwanią i Nino Burdżanadze, przewodził tzw. rewolucji róż, która doprowadziła 23 listopada 2003 r. do bezkrwawego obalenia prezydenta Eduarda Szewardnadzego. W kolejnych wyborach prezydenckich w styczniu 2004 zwyciężył Saakaszwili, uzyskując ponad 96% głosów, a wkrótce potem jego partia uzyskała 135 ze 150 miejsc w parlamencie.