Od 1240 we władaniu rodu d’Este jako księstwo, za panowania tego rodu miasto przeżywało rozkwit. W 1385 rozpoczęła się budowa zamku św. Michała, a w 1391 został założony uniwersytet. Na dwór d’Este przybywało wielu artystów, malarzy poetów i muzyków, wśród nich Petrarka, Ludovico Ariosto czy Torquato Tasso. Ferrara jest miejscem narodzin renesansowego kaznodziei Girolama Savonaroli w 1452. O potędze rodu d’Este świadczy to, iż udało się zawrzeć w 1501 roku małżeństwo między Alfonsem d’Este a córką papieża Aleksandra VI – Lukrecją Borgia. W późniejszych okresach dochodziło do mariaży pomiędzy potomkami d’Este a dziećmi ważnych monarchów europejskich, np. córka króla Francji Ludwika XII – Renée Francuska poślubiła Alfonsa II d’Este.

Do 1597 Ferrara była lennem, a od 1598 prowincją Państwa Kościelnego, w okresie 1794–1814 pod okupacją francuską, 1832–1859 pod kontrolą (okupacją) austriacką, przeszła pod zarząd Królestwa Sardynii, a w 1861 włączona do Królestwa Włoch.

Zabytki Starówka w Ferrarze otoczona jest fortyfikacjami bastionowymi z XV-XVI w. o długości 9 km. Są to, obok Lukki, najlepiej zachowane umocnienia renesansowe we Włoszech.