Para została zmuszona do małżeństwa, gdy Anna w 1660 roku zaszła w ciążę. Ceremonia zaślubin odbyła się już po przywróceniu monarchii – w maju 1660 roku. Miała miejsce 3 września 1660 roku w Londynie.
Pierwsze dziecko Anny i Jakuba przyszło na świat w dwa miesiące po ślubie pary. Łącznie kobieta urodziła mężowi ośmioro dzieci:
Karol (ur. 22 października 1660, zm. 5 maja 1661) – książę Cambridge. Maria II (ur. 30 kwietnia 1662, zm. 28 grudnia 1694) – żona Wilhelma III Orańskiego, królowa Anglii i Szkocji. Jakub (ur. 12 lipca 1663, zm. 20 czerwca 1667) – książę Cambridge. Anna (ur. 6 lutego 1665, zm. 1 sierpnia 1714) – królowa Anglii i Szkocji, od 1707 r. królowa Wielkiej Brytanii. Karol (ur. 4 lipca 1666, zm. 22 maja 1667) – książę Kendal. Edgar (ur. 14 września 1667, zm. 8 czerwca 1671) – książę Cambridge. Henryka (ur. 13 stycznia 1669, zm. 15 listopada 1669). Katarzyna (ur. 9 lutego 1671, zm. 5 grudnia 1671).
Mimo ślubu, który został zawarty z miłości, jaka łączyła Annę i Jakuba, mężczyzna nie był wiernym mężem. Jego kochanką była m.in. Arabella Churchill, z którą doczekał się czworga nieślubnych dzieci, w tym Jakuba FitzJames (1. księcia Berwick).