Cisowy Jar jest największym i najdłuższym wąwozem na terenie Wzgórz Szeskich. Jego długość wynosi 1000 m, a głębokość dochodzi do 30 m, natomiast szerokość mierzona między krawędziami sięga do 100 do 300 metrów. Zbocza wąwozu są bardzo strome. Dnem płynie strumień zasilany źródłami znajdującymi się w wielu miejscach u podnóży zbocza. W czasie suszy źródła wysychają i przepływ ustaje.
Typy siedliskowe Na terenie rezerwatu można wyróżnić trzy typy siedliskowe: las mieszany świeży – 0,30 ha – 2,8%, las świeży – 9,95 ha – 93,4%, las wilgotny – 0,40 ha – 3,8% zawierają one w sobie drzewostan głównie z udziałem świerka (72%), lipy (14%), brzozy (1%) w wieku od 60 do 90 lat. Inne spotykane tu gatunki drzew to: osika, wierzba, iwa, grab, klon, wiąz górski i jesion. Drzewostany rezerwatu są silnie zniekształcone, ponieważ przed 80 laty wykonano tu zrąb zupełny. Obecnie uwzględniając w szerokim stopniu cele ochronne na całym terenie rezerwatu planowane są jedynie do wykonania cięcia sanitarne oraz pielęgnacyjne pod kątem ochrony cisa. Pod osłoną drzewostanu rośnie cis. W 1965 roku stwierdzono w rezerwacie i bezpośrednim sąsiedztwie jego granic 1392 okazy, w 2003 zinwentaryzowano jedynie 36 okazów. Większość to egzemplarze o wysokości 10–15 cm. Kilkanaście osiąga wysokość 2–3 m, ale są one przygłuszone przez zwarty drzewostan.