Kontrowersje budzi kwestia tego, kto może przyznać autokefalię. W 1970 r. Rosyjski Kościół Prawosławny nadał autokefalię Kościołowi Prawosławnemu w Ameryce, co nie zostało uznane przez większość patriarchatów. W następstwie obalenia cara Mikołaja II gruzińscy biskupi jednostronnie przywrócili 25 marca 1917 r. autokefalię Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego, który pozostaje w komunii z innymi Kościołami prawosławnymi, a jego autokefalia jest uznawana m.in. przez ekumenicznego patriarchę Konstantynopola (od 1990 r.). Rosyjski Kościół Prawosławny utrzymuje, że jego własna autokefalia daje mu prawo przyznawania autokefalii dowolnej wspólnocie wchodzącej w jego skład, zaś patriarchat konstantynopolitański utrzymuje, iż prawo to należy wyłącznie do soboru.
Obszar działania kościoła
Jest dogmatyczną zasadą, że wszyscy wyznawcy prawosławia mieszkający na danym terytorium są członkami jednego kościoła. Niemniej jednak na Ukrainie obok Kościoła Prawosławnego Ukrainy istnieje także Ukraiński Kościół Prawosławny Patriarchatu Moskiewskiego podległy Patriarchatowi Moskiewskiemu (patrz: mapa).