Jan Paweł II po latach tak wspominał osobę ks. Piwowarczyka w swojej książce „Dar i Tajemnica”: Jesienią roku 1942 powziąłem ostateczną decyzję wstąpienia do Krakowskiego Seminarium Duchownego, które działało w konspiracji. Przyjął mnie ks. Rektor Jan Piwowarczyk. Fakt ten miał jednak pozostać w najściślejszej tajemnicy, nawet wobec osób najbliższych. Rozpocząłem studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego, który także działał w konspiracji, pracując nadal fizycznie jako robotnik w Solvayu.
Antysemityzm W okresie międzywojennym Jan Piwowarczyk publikował antysemickie artykuły i komentarze do ówczesnych zajść antyżydowskich. O prześladowaniach Żydów w Trzeciej Rzeszy pisał w 1938 na łamach „Głosu Narodu”: Antysemityzm niemiecki, jak każdy zresztą antysemityzm, jest reakcją na zakusy żydostwa, na jego plany i na jego zdobycze w dziedzinie kulturalnej i gospodarczej. – Gdyby w Niemczech nie było Żydów, to by nie było także antysemityzmu. Antysemityzm jest zawsze skutkiem, którego przyczyną zawsze jest żydowski imperializm. 25 marca 1937 w „Głosie Narodu” pisał: Naród Złotego Cielca sprzed paru tysięcy lat pozostał narodem Złotego Cielca. […] Pieniądze, interes i zysk – stanowi duszę tego narodu […].