Zainteresowanie Dodoensa botaniką, jak u prawie wszystkich XVI-wiecznych naturalistów, miało swe podłoże w medycynie i użytkowym stosowaniu ziół do celów medycznych. Dlatego pierwszymi publikacjami Dodoensa były zielniki z wykazami gatunków roślin stosowanych w ówczesnym ziołolecznictwie. Najważniejszym dziełem uczonego był wielki atlas botaniczny wydany w języku niderlandzkim pt. Cruijdeboeck (lub Cruydeboeck) w 1554 r., jako Cruydt-boeck wznawiany jeszcze następnie w latach 1618 i 1644. Dodoens wykorzystał w nim plansze z dzieła Leonharta Fuchsa, uzupełnione szeregiem nowych rycin. Krótko po wydaniu flamandzkim wyszła również francuska wersja dzieła pt. Histoire des plantes w tłumaczeniu zaprzyjaźnionego z autorem Kluzjusza. Dodoens był tu m.in. autorem pierwszego opisu i zupełnie poprawnego rysunku owadożernej rosiczki (Drosera L.).
W 1583 wyszły drukiem Pemptades – dzieło podsumowujące wszystkie dotychczasowe prace Dodoensa. Opisy roślin mają tu już charakter zdecydowanie bardziej botaniczny niż medyczny. Ponieważ jednak Dodoens (co było w owych czasach prawie regułą) obficie czerpał z dzieł innych botaników, w tym m.in.