Różnicowanie Diagnostyka różnicowa torbieli obejmuje przede wszystkim przerzuty wysokodojrzałego raka płaskonabłonkowego do węzłów chłonnych, ze zmianami martwiczo-torbielowatymi. Szczególnie w materiale z biopsji aspiracyjnej cienkoigłowej (która powinna być wykonana w każdym przypadku zmiany torbielowatej szyi) komórki wysokodojrzałego rogowaciejącego raka płaskonabłonkowego mogą być łudząco podobne do komórek nabłonka wielowarstwowego płaskiego złuszczonego ze ściany torbieli. Przerzuty torbielowate do węzłów chłonnych szyi pochodzą najczęściej z raka migdałka podniebiennego i raka tarczycy. Przypadki pierwotnego raka płaskonabłonkowego który rozwinął się w torbieli skrzelopochodnej są niezwykle rzadkie. Dlatego w każdym przypadku raka płaskonabłonkowego stwierdzonego w torbielowatej zmianie na szyi, należy drobiazgowo poszukiwać punktu wyjścia, którym może być m.in. drobne utajone ognisko w migdałku lub w nosogardle. W tych przypadkach oprócz samej resekcji torbieli wykonuje się także rutynowo tonsilektomię.