Genezę rokoszu zebrzydowskiego można wywieść od polityki skandynawskiej króla z dynastii Wazów, która dążyła do zacieśnienia relacji z Christianem IV - królem Danii - jak i dynastią Hohenzollernów w celu odzyskania tronu szwedzkiego. Jednocześnie szlachta oceniała negatywnie poczynania króla przedstawione w akcji sejmikowej od 1604 do 1605 jak i na późniejszych zjazdach regalistów.
Po zwołaniu konfederacji generalnej, marszałkiem został mianowany kalwinista Janusz Radziwił. Rokosz zaczął sie 6/7 września roku 1606 w Sandomierzu, wtedy zostały uchwalone artykuły sandomierskie o charkterze antyregalistycznym i republikańskim.
W latach 1606–1609 doszło do rokoszu Zebrzydowskiego, zwanego również sandomierskim, w którym katolicy, jak i protestanci, magnateria, jak i szlachta walczyli o zabranie monarsze prawa rozdawnictwa zwolnionych urzędów i zmuszenia go do wygnania jezuitów i cudzoziemców. Na potrzeby rokoszan wymyślony został także rokosz gliniański, który usprawiedliwiał ideę zbrojnego wystąpienia przeciw Zygmuntowi III Wazie.