Pochodzi on prawdopodobnie z czasu po spustoszeniu Gniezna przez Krzyżaków w 1331 roku. Poprzedni kościół mógł ulec zniszczeniu ze względu na swoje położenie poza linią obwarowań.
Architektura i wnętrze Kościół św. Jana jest budowlą orientowaną, jednonawową, wydłużoną, gotycką, murowaną z cegły w układzie polskim. Jego prezbiterium (wys. 5,6 m.; szer. 5,15 m.; długość 7,50 m). skierowane na wschód, jest nieco starsze od nawy, z ok. poł. XIV w., posiada dwa przęsła sklepienne krzyżowe, z tych ostatnie 5-polowe. Przęsła dzieli gurt o prostym profilu, żebra mają profit tzw. suchy. Gurt i żebra ceglane opierają się na wspornikach, wykonanych ze sztucznego kamienia, mających kształt pięciobocznych spiczastych ostrosłupów. Na przecięciu żeber w każdym przęśle znajduje się okrągły, płasko rzeźbiony zwornik, jeden z gładką tarczą herbową, drugi z podwójnym krzyżem (godło Bożogrobców).
Prezbiterium Pierwotne prezbiterium miało tylko 3 okna poł. XIV w.;