Fabuła Frank Castle, były detektyw policyjny, jest najbardziej poszukiwaną osobą w mieście. Żyje w ukryciu, zamieszkując kanały Nowego Jorku. Na jego temat krążą miejskie legendy, a on sam znany jest pod pseudonimem Punisher (pol. mściciel). W ciągu ostatnich pięciu lat Castle zabił stu dwudziestu pięciu ludzi. Przed laty jego rodzina zginęła w wyniku brutalnego zamachu przygotowanego przez mafię; od tamtej pory bohater, uzbrojony w najnowocześniejszą broń, samotnie walczy z przestępczością zorganizowaną. Jego jedynym przyjacielem jest alkoholik, imieniem Shake. Uznany za martwego, Castle poszukuje śladów morderców swoich bliskich, a gdy trafia na nie, mści się na przestępcach z premedytacją. Jest także poszukiwany przez Jake’a Berkowitza, swojego dawnego policyjnego partnera, który jako jedyny uważa go za żywego.
Alternatywnie widz poznaje wątek gangsterski. Nowojorska mafia jest osłabiona z powodu Punishera i aktów jego zemsty. Jednocześnie jednak Gianni Franco, jeden z bardziej wpływowych mafiosów, chcąc przejąć władzę nad miastem, planuje zjednać sobie miejscowe gangi. Dopuścić do tego nie zamierza szefowa yakuzy Lady Tanaka, marząca również o zaprowadzeniu swoich rządów w Nowym Jorku.