Zastąpił go Rich Franklin z którym ostatecznie przegrał na punkty po 5. rundach.
3 marca 2013 roku powrócił do Japonii po prawie 7 latach od swojego ostatniego pojedynku. Na gali UFC on Fuel TV 8 która odbywała się w Saitamie znokautował byłego mistrza WEC Briana Stanna w 2. rundzie po niebywale dynamicznym pojedynku głównie w 1. rundzie w której po prawie każdej wymianie ciosów jeden z zawodników chwiał się na nogach.
W październiku 2013 został głównym trenerem w reality show The Ultimate Fighter: Brazil 3 razem z Chaelem Sonnenem. W czasie trwania programu, w czerwcu Silva uległ kontuzji dłoni która wykluczyła go z walki z Sonnenem. Został on zastąpiony przez rodaka Vitora Belforta. W czerwcu 2014 komisja sportowa w Nevadzie (Nevada State Athletic Commission, NSAC) poinformowała o złamaniu polityki antydopingowej przez Silvę. Brazylijczyk podczas przesłuchania przed komisją przyznał się do stosowania dopingu przed niedoszłym pojedynkiem z Sonnenem. 23 września 2014 oficjalnie został ukarany przez NSAC bezterminowym zakazem toczenia pojedynków oraz grzywną w wysokości 70 tysięcy USD. Później kara została zredukowana do trzyletniego zawieszenia. W styczniu 2016 został zwolniony z kontraktu UFC.