Znaczenie Hrdlička interesował się szerokim spektrum zagadnień z zakresu antropologii. W latach 1899–1902 przeprowadził cztery badania pomiędzy Indianami południowego zachodu USA i północnego Meksyku. Z czasem zaczął się poświęcać przede wszystkim studiom nad pochodzeniem Indian, wiekiem populacji indiańskich i obszarami występowania poszczególnych populacji. Na podstawie materiału kostnego oraz artefaktów pozyskanych z różnych miejsc Ameryki Północnej, Azji Środkowej, Chin i Mandżurii sformułował w latach 1907-1912 hipotezę o pojawieniu się pierwszych ludzi na kontynencie amerykańskim pod koniec plejstocenu. Hrdlička brał udział także w wyprawach antropologicznych i medycznych na Morawach, Jawie, w Południowej Afryce, w Indiach, Peru, Argentynie i Australii. W celu potwierdzenia swojej teorii przeprowadzał szereg badań archeologicznych nad rzeką Jukon na Alasce (1926-1930), wyspie Kodiak (1931-1934) i Aleutach (1935-1938). Hrdlička planował również prowadzenie badań na obszarze Związku Radzieckiego, jednakże wybuch II wojny światowej pokrzyżował jego planySoukup, Václav: Dějiny antropologie (Encyklopedický přehled dějin fyzické antropologie, paleoantropologie, sociální a kulturní antropologie) (Praga: Karolinum, 2004;