Według Zyty Gilowskiej synowa została zatrudniona w biurze zanim poznała jej syna, a korzystanie z usług syna miało pozwolić na obniżenie kosztów ekspertyz. Kolejnym zarzutem wysuwanym pod jej adresem była próba umieszczenia syna na pierwszym miejscu lubelskiej listy PO, na co nie godziło się kierownictwo partii. Ostatecznie sama nie kandydowała w wyborach parlamentarnych w 2005.
7 stycznia 2006 prezydent RP Lech Kaczyński na wniosek premiera Kazimierza Marcinkiewicza powołał ją na urząd wicepremiera i ministra finansówPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 7 stycznia 2006 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. Jej odwołanie nastąpiło 24 czerwca 2006Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 24 czerwca 2006 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów ()., kiedy to rzecznik interesu publicznego Włodzimierz Olszewski zarzucił Zycie Gilowskiej „kłamstwo lustracyjne”. Sąd lustracyjny pierwszej instancji 6 września 2006 orzekł, że złożyła ona zgodne z prawdą oświadczenie lustracyjne.