2 sierpnia 1876 Prado ponownie został wybrany na prezydenta republiki, z ramienia Partii Obywatelskiej (Partido Civil). Sytuacja w kraju była wówczas skomplikowana przez kryzys ekonomiczny. Co więcej, Peru wystąpiło w marcu 1879 w obronie sprzymierzonej Boliwii przeciw Chile, w efekcie 5 kwietnia 1879 Chile wypowiedziało Peru wojnę, znaną jako wojna o Pacyfik.
Armia chilijska zdołała zniszczyć główne siły marynarki peruwiańskiej i odnosiła sukcesy na lądzie, zajmując część Boliwii i Peru. W tej sytuacji, prezydent Prado 19 grudnia 1879 zostawił urząd zastępcy Luisowi La Puerta i za zgodą Kongresu zdecydował udać się do Europy w celu zakupów broni, przede wszystkim okrętów. Już 21 grudnia władzę objął w drodze zamachu stanu przeciwnik polityczny Prado, Nicolás de Piérola; pod jego wpływem uznano Prado za zdrajcę, który porzucił kraj i w 1880 odebrano mu obywatelstwo i stopień generała. Do zakupów broni nie doszło. Prado powrócił do Peru dopiero po zakończeniu wojny w 1887 i nie powrócił już do polityki.