problemy oddechowe z powodu wąskich nozdrzy, źle wykształconej tchawicy, przerostu podniebienia miękkiego (jedyny ratunek to operacja), ból z powodu nieprawidłowo rozwiniętych kręgów w kręgosłupie, alergie, problemy dermatologiczne (nawracające infekcje, trudne do wyleczenia zapalenia skóry), kłopoty z oczami (częste wypływy z oczu, które są spowodowane zbyt płytkimi oczodołami; gałki oczne są osadzone na tyle płytko, że przy uderzeniu mogą wypaść), wady układu krążenia i problemy z sercem, wady zgryzu. Częstość występowania predyspozycji do tych wad wzrasta wraz z wiekiem buldogów.
W 2016 roku Brytyjskie Stowarzyszenie Weterynaryjne wystosowało apel, w którym przestrzegało przed kupowaniem psów tej rasy z powodu ich problemów zdrowotnych.
W 2018 roku weterynarze z sieci brytyjskich klinik Valley Vets ogłosili, że ze względu na obciążenia zdrowotne u psów z ras brachycefalicznych (w tym buldogów francuskich) nie będą leczyć u nich bezpłodności i tym samym przyczyniać się do ich rozmnażania.
Dysplazja stawu biodrowego dotyka 30,4% buldogów francuskich według Orthopedic Foundation for Animals.