31 maja 1905 Kolegium Kościelne Zboru Ewangelicko-Augsburskiego w Warszawie przyjęło wniosek ks. Juliana Machlejda o wystąpienie do władz w celu uzyskania pozwolenia na otwarcie prywatnego zakładu naukowego męskiego, bez praw, z językiem wykładowym polskim. 4 czerwca 1906 kurator Okręgu Naukowego Warszawskiego udzielił koncesji na prowadzenie zakładu.
1 września 1906 otwarto „Gimnazjum 8-io klasowe im. Mikołaja Reja, utrzymywane przez Zbór Ewangelicko-Augsburski w Warszawie”. Pierwszym dyrektorem gimnazjum został Julian Machlejd, który pozostawał na tym stanowisku przez 11 lat.
Początkowo do szkoły uczęszczało 200 uczniów. Było szkołą prywatną, prowadzoną przez parafię ewangelicko-augsburską w Warszawie. Kładziono w niej szczególny nacisk na wychowanie moralne i społeczne w duchu patriotyzmu i tolerancji religijnej. W okresie międzywojennym w placówce duże wpływy miała Narodowa Organizacja Gimnazjalna oraz Grupy Szkolne ONRM.J. Chodakiewicz, J. Mysiakowska-Muszyńska, W.J. Muszyński, Polska dla Polaków!