dla niektórych kobiet jest to wadąhttps://archive.ph/20121214091609/http://health.utah.gov/mihp/natural_family_planning.htm niezależność od innych procedur medycznych; nie wymaga medycznie wykwalifikowanego personelu;
Wady okres nauki wymaganej do stosowania NPR trwa do 6 miesięcyNatural Family Planning - Disadvantages - NHS Choices; NPR musi być nauczane przez kwalifikowanych pracowników; brak zabezpieczenia przed chorobami wenerycznymi; jeśli partner kobiety z nią nie współpracuje, metoda objawowo-termiczna w ogóle może nie być skuteczna, możliwość błędnego określenia płodności na podstawie objawów fizjologicznych (zwłaszcza konsystencji śluzu); możliwość zaburzenia objawów płodności na skutek takich czynników jak np. stres, choroba, zmiana klimatu, przemęczenie, spożycie alkoholu, sen o nietypowej długości itp.