Zaniedbywany przez właścicieli pałac ulegał stopniowej ruinie, aż w czasach konfederacji barskiej, w 1768 uległ zniszczeniu podczas pożaru Krakowskiego Przedmieścia. Nieodnawiany, w latach 80. XVIII w. przeszedł na własność Szeptyckich. W 1801 roku zdewastowany gmach zakupił na licytacji burmistrz Beniamin Finke i przekazał go rządowi. Przeznaczony na lazaret obiekt wyremontowano. W 1822 roku decyzją namiestnika Królestwa Polskiego, gen. Zajączka, pałac przeznaczono na siedzibę Komisji Województwa Lubelskiego. Obiekt przebudowano według projektu Jana Stompfa, m.in. podwyższono go o jedno piętro. Po kolejnym pożarze w 1829, roku pałac ponownie odbudowano, tym razem według projektu Henryka Marconiego. Budynek otrzymał wówczas obecny, klasycystyczny wygląd z elementami empire.
W okresie zaborów mieściła się tu siedziba rosyjskiego, a od 1915 roku austriackiego generał-gubernatora. W nocy z 6 na 7 listopada 1918 roku w pałacu utworzono rząd Ludowy Republiki Polskiej pod przewodnictwem Ignacego Daszyńskiego. Dziś wydarzenie to upamiętnia tablica przy głównym wejściu. Od 1918 w pałacu miało siedzibę Dowództwo Okręgu Garnizonu i dowództwo Okręgu Korpusu Nr II;