W 1779 kościół nie miał jeszcze sklepień, podłóg, nie wymurowano nowych ścian szczytowych, nie wykończono okien. Przebudowa została przerwana, gdyż pruski zaborca zdecydował się kościół zamienić na magazyn soli, co zniszczyło jego mury. W końcu XIX w. wymurowano nowe szczyty neogotyckie, w okresie międzywojennym wprowadzono sklepienie pseudogotyckie w prezbiterium i neobarokowe w nawie głównej, wymalowano wnętrze kościoła. Wyposażenie wnętrza w stylu barokowym, renesansowy ołtarz św. Antoniego przeniesiony z kościoła franciszkanów, podobnie jak ołtarz Matki Boskiej Różańcowej. Unikatowa figura Chrystusa z XIV w. w ołtarzu Krzyża Św.
Z historią kościoła wiąże się tajemnica jego pierwotnej lokalizacji sprzed spalenia miasta wraz z farą przez Krzyżaków w 1431 r. W aktach procesów polsko-krzyżackich o Pomorze Gdańskie z lat 1320–1321 odbywającego się w Brześciu Kujawskim i Inowrocławiu i 1339 w Warszawie, inowrocławska fara św. Mikołaja wzmiankowana była na środku rynku w odróżnieniu od kościoła parafialnego św. Stanisława w Brześciu Kujawskim, który stał przy rynku. Do roku 1869 na rynku stała wysoka, gotycka wieża z drugiej ćwierci XIV w., w której według źródeł w XVII i XVIII w. znajdował się ratusz, jednak pruski konserwator zabytków Julius Kohte twierdził, że jej pochodzenie nie jest znane.