W obawie przed komunistami był on ukrywany przez szereg lat, a jego oficjalne umieszczenie w ołtarzu głównym kościoła miało miejsce w 1968. 23 maja 1992 dokonano intronizacji wizerunku Matki Bożej Klewańskiej.
22 maja 2021 dekretem biskupa Tadeusza Lityńskiego kościół św. Mikołaja został ustanowiony sanktuarium Matki Bożej Klewańskiej.
Architektura Kościół Świętego Mikołaja w Skwierzynie jest budowlą murowaną w stylu późnogotyckim, trójnawowym kościołem halowym. Wzdłuż nawy głównej budowli znajdują się cztery przęsła.
Wyposażenie Wewnątrz świątyni większość wyposażenia stanowią przedmioty pochodzące w większości z XIX wieku. Wyjątkiem jest najstarszy zabytek – krucyfiks z XVIII wieku. Znajduje się on w podwieżowej kruchcie. Pozostałe przedmioty znalazły się w kościele w większości ok. 1864. Są to m.in. główny ołtarz wykonany w stylu neogotyckim, jak również ołtarze boczne i neogotycka drewniana ambona. Dodatkowe godne zauważenia są monstrancje z XVIII i XIX wieku, jak również przyścienne neogotyckie kamienne kropielnice.
Najcenniejszy jest jednak namalowany w XVII wieku obraz Matki Boskiej Klewańskiej, przywieziony do Skwierzyny po zakończeniu II wojny światowej. Obraz uważany jest za cudowny.