Wojna Gempei W roku 1180 Yoshitsune dowiedział się, że Yoritomo na apel księcia Mochihito zbiera armię do rozprawy z Tairami. Wkrótce potem Yoshitsune dołączył do brata, którego nigdy wcześniej nie spotkał, i stanął u jego boku w wojnie Gempei.
W pierwszym miesiącu roku 1184 Yoshitsune pokonał i zabił swojego kuzyna, Yoshinakę, w bitwie pod Awazu w prowincji Ōmi, a miesiąc później pokonał Tairów pod Ichi-no-Tani. W 1185 Yoshitsune odniósł kolejne zwycięstwo nad Tairami pod Yashimą na Sikoku i ostatecznie zniszczył ich siły w bitwie w zatoce Dan-no-Ura 25 kwietnia 1185.
Rytualne samobójstwo Po zakończeniu wojny Gempei Yoshitsune fetowano jako bohatera, co wzbudziło niepokój Yoritomo. Podejrzewając brata o spisek z byłym cesarzem Go-Shirakawą, Yoritomo postanowił pozbyć się potencjalnego rywala. Yoshitsune próbował szukać schronienia w Mutsu u dawnego opiekuna, Hidehiry Fujiwary, ale zdradzony przez syna Hidehiry, Yasuhirę, został pokonany w bitwie nad rzeką Koromo i zmuszony do popełnienia seppuku wraz z żoną i córką.