Obecnie (2025) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) umieszcza karakarę czubatą w rodzaju Caracara, wyróżnia dwa podgatunki: nominatywny i C. p. cheriway (karakara białorzytna). Karakara białorzytna od 1999 roku (niekiedy i wcześniej) była powszechnie uznawana za osobny gatunek (występuje wąski obszar hybrydyzacji obydwu tych ptaków w Brazylii). Badania filogenetyczne wykazały jednak, że pod względem genetycznym taksony te nie różnią się mocno od siebie, i że powinny być raczej traktowane jako podgatunki; propozycja połączenia ich w jeden gatunek została w 2020 roku zaakceptowana przez SACC, a później także przez inne autorytety. Za podgatunek karakary czubatej często uznawano wymarłą karakarą meksykańską (C. lutosa). Opisano też podgatunki pallidus i audubonii; IOC traktuje je jako synonimy C. p. cheriway.

Epitet gatunkowy plancus oznacza z łaciny orła. Carl Eduard Hellmayr w wydanym w 1932 tomie The birds of Chile napisał, że mieszkańcy Chile nazywają karakary czubate „Traro”.

Morfologia mały|lewo|Osobnik dorosły w locie Długość ciała wynosi 51–64 cm, masa ciała 1150–1600 g (dla ptaków obydwu płci z Chile i Peru);