W konsekwencji, we wrześniu 1865 wybuchła wojna Chile i Peru z Hiszpanią.
26 listopada 1865 chilijska korweta „Esmeralda” pod dowództwem Juana Williamsa Rebolledo napotkała „Virjen de Covadonga” w okolicy Papudo, na północ od Valparaíso. Po ataku z zaskoczenia i krótkiej walce, hiszpański okręt został uszkodzony i zdobyty przez Chilijczyków. Należy wspomnieć, że będąc pod wrażeniem utraty okrętu wiceadmirał Pareja załamał się nerwowo i popełnił samobójstwo.
Służba w Chile Zdobyty okręt, wcielony 4 grudnia 1865 w skład floty chilijskiej pod nazwą „Covadonga”, wzmocnił nieliczną flotę tego państwa. W toku wojny Chile i Peru z Hiszpanią, odznaczył się w bitwie pod Abtao 7 lutego 1866, w której hiszpański zespół nie zdołał zatopić okrętów koalicji.
„Covadonga” następnie wzięła udział w wojnie z Peru, tzw. wojnie o Pacyfik 1879 roku. Dowodził nią początkowo Arturo Prat. Wraz z korwetą „Esmeralda” pozostawiono ją do blokady morskiej portu Iquique. Od maja 1879 dowódcą „Covadongi” był Carlos Condell de la Haza. Po zaskoczeniu okrętów chilijskich przez przeważające siły peruwiańskie 21 maja 1879 (bitwa pod Iquique), „Covadonga” podjęła ucieczkę na południe, ścigana przez szybszą i znacznie większą fregatę pancerną „Independencia”, która ostrzeliwała ją przez trzy godziny, lecz mało skutecznie.