Zimą 1727–1728 Haller i Gessner studiowali tu anatomię i doskonalili się w chirurgii w renomowanych szpitalach. Wiosną 1728 obaj wyjechali do Bazylei, gdzie na uniwersytecie uczęszczali na wykłady Johanna Bernoulliego z matematyki. Latem odbyli wspólnie podróż po Szwajcarii, która zaowocowała głębszym zainteresowaniem się Hallera florą alpejską i rozpoczęciem gromadzenia jego zbiorów botanicznych, a także popularnym później poematem dydaktycznym pt. „Die Alpen”. Utwór ten doczekał się aż 30 wydań i został przetłumaczony na języki: angielski, francuski, włoski i łacinę. Zimą 1728–1729 Haller zastąpił w Bernie na stanowisku profesora anatomii chorego J.R. Miega, po czym jeszcze w tym samym 1729 osiadł w tym mieście i tu podjął praktykę lekarską. Bezskutecznie ubiegał się o posadę medyka miejskiego, a później także o objęcie katedry retoryki miejscowej uczelni. W 1735 uzyskał jedynie nominację na stanowisko bibliotekarza miejskiego. Zawiedziony w następnym roku opuścił miasto. Ostatnie lata Hallera naznaczone były walką z chorobami. Jego synem był botanik Albrecht von Haller (1758–1823).