II wojna światowa przerwała działalność gimnazjum, w 1944 r. powrócono jednak do nauczania w neoklasycznym pałacu. Mieściły się tam gimnazjum męskie i żeńskie. W 1958 r. utworzono na ich miejsce I Liceum Ogólnokształcące, później mieściły się tam kolejno, II i III LO oraz Liceum Ogólnokształcące dla Pracujących.
W 1972 r. powstało VI Liceum Ogólnokształcące. Dla potrzeb nowo utworzonej szkoły gruntownie zmodernizowano gmach pałacyku, zainstalowano centralne ogrzewanie i węzeł sanitarny. 14 grudnia 1974 r. szkole nadano sztandar oraz patrona, Króla Zygmunta Augusta, nawiązując do tradycji przedwojennej. Pierwszymi dyrektorami szkoły byli Anna Duda (1972–1974) i Tadeusz Dziubiński (1976–1990). Obecnie funkcję dyrektora pełni absolwent tej szkoły Dariusz Naumowicz.
Budynek VI Liceum Ogólnokształcącego jest jednym z punktów otwartego w czerwcu 2008 r. Szlaku Dziedzictwa Żydowskiego w Białymstoku opracowanego przez grupę doktorantów i studentów UwB – wolontariuszy Fundacji Uniwersytetu w BiałymstokuSzlak Dziedzictwa Żydowskiego w Białymstoku [dostęp 22 lipca 2009]..
Nauczyciele Leon Barucki Krzysztof Nitkiewicz (katecheta)
Absolwenci i uczniowie thumb|180px|Ludwik Zamenhof