Wystąpienia chłopskie położyły ostatecznie kres zrywowi niepodległościowemu. Leon Czechowski cudem uniknął śmierci z rąk rozjuszonych chłopów. Zmuszony był do emigracji. Został ranny, przebywał w szpitalu, był aresztowany i oskarżony o zdradę główną. Trafił do więzienia skąd został uwolniony na mocy amnestii 20 marca 1848 r. W maju 1849 r. przedostał się na Węgry. Organizował polską piechotę w Siedmiogrodzie w Bystrzycy. Od początku lipca jako major honwedów dowódca piechoty 2 batalionu Legionu Polskiego walczył w Siedmiogrodzie opanowanym przez Austriaków. Na tej placówce, odnosił liczne zwycięstwa a jego zdyscyplinowane oddziały zyskały sympatię zamieszkujących Siedmiogród zarówno Rumunów jak i Węgrów. Przez gen. Józefa Bema został awansowany do stopnia pułkownika. Na skutek klęsk wojsk powstańczych oddziały dowodzone przez Czechowskiego wycofały się do Nagy Banya i Komorna. Czechowski dostał się do niewoli, z której wkrótce udało mu się uciec. Od roku 1853 przebywał w Paryżu.