Na rozpoczęciu letniego sezonu 2010 zdobył dwukrotnie drugie miejsce – w Hinterzarten i Courchevel. W Einsiedeln zajął 14. miejsce. W Zakopanem znalazł się na 6. i 5. miejscu. W Libercu ukończył konkurs na szóstej pozycji, a w Klinghental po raz trzeci w tym sezonie stanął na podium, zdobywając drugie miejsce. Z dorobkiem 383 punktów znalazł się na czwartym miejscu w klasyfikacji generalnej LGP.
mały|200px|Thomas Morgenstern podczas zawodów PŚ Sezon zimowy 2010/2011 rozpoczął od konkursu w Ruce, gdzie zdobył drugie miejsce. W Kuopio zajął piątą pozycję. Po tym konkursie znajdował się na trzeciej pozycji w klasyfikacji generalnej, dzieląc ją z Mattim Hautamaekim. Następnie wygrał cztery konkursy z rzędu – w Lillehammer i Engelbergu. W trzecim konkursie w Engelbergu zdobył drugie miejsce.
Podczas 59. Turnieju Czterech Skoczni wygrał konkursy w Oberstdorfie i Innsbrucku, a w Bischofshofen zdobył drugie miejsce. Wyniki te dały mu jedyne w karierze zwycięstwo w klasyfikacji generalnej turnieju.