Przy kościele działała szkoła parafialna.
Kościół pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego, który działa do dziś, został zbudowany w stylu dojrzałego baroku. Budowa trwała w latach 1765–70, ozdobienie stworzył znany architekt Jan Krzysztof Glaubitz. Wzniesiono świątynię w centrum miasta, nieco dalej od miejsca, gdzie stał drewniany kościół, przy centralnej ulicy Wileńskiej. Stary drewniany kościół rozebrano na materiał do miejskiego kościoła unickiego. Kamienny szpital w pobliżu kościoła zbudowany w drugiej połowie XVIII wieku.
thumb|left|Kompleks kościoła, pocz. XX w. Kompleks kościoła z oddzielnie zbudowaną dzwonnicą został otoczony kamiennym ogrodzeniem z barokową bramą. Dzwonnica zniknęła jeszcze w XIX w., ogrodzenie rozebrano w okresie powojennym.
W 1928 roku kościół został poświęcony przez arcybiskupa wileńskiego Romualda Jałbrzykowskiego. Przed II wojną światową lidzka parafia liczyła prawie 14 tys. wiernych (nie biorąc pod uwagę parafii Lida-Słobódka)slowo.grodnensis.by.
Kościół Podwyższenia Krzyża Świętego działał również w latach panowania władzy radzieckiej. Został zaliczony do zabytków architektury o znaczeniu krajowym.