Jego świetna gra w tym meczu później zostały uznane przez kibiców Zenitu, za jeden z najważniejszych kroków w drodze do zwycięstwa w Pucharze UEFA. W kolejnych meczach zespół musiał obejść się bez niego. Jego drużyna ostatecznie wygrała Puchar UEFA 2007/2008 oraz Superpuchar Europy. Przez kontuzje przegapił również Letnie Igrzyska Olimpijskie 2008, gdzie Belgia zajęła czwarte miejsce. Lombaerts powrócił do gry 19 lipca 2009 roku, wszedł na boisko 71. minucie za Aleksieja Iwanowa przeciwko zespołowi Terek Grozny. Mimo że Zenit został pokonany 3:2, Lombaerts po meczu opisał swoją radość z powrotnego wejścia na boisko, jako podobną do „radości małego dziecka, gdy wchodzi się do sklepu pełnego słodyczy”. Następnie szybko stał się stałym elementem obrony trenera Anatolija Dawydowa, pomagając Zenitowi wygrać sześć kolejnych meczów i wrócić do walki o tytuł mistrza. 29 listopada 2009 Lombaerts strzelił zwycięskiego gola przeciwko Spartakowi Moskwa, co dało jego zespołowi awans do Liga Mistrzów UEFA 2010/2011, jako drużyna trzeciego miejsca w Rosji. 5 lipca 2010 Lombaerts podpisał czteroletni kontrakt z Zenitem o jego pozostaniu w klubie. Swój ostatni, 289.