W XVIII w. wygląd cerkwi w Siemiatyczach ulegał stopniowej latynizacji, pozostał w niej jednak ikonostas. W nabożeństwach zaczął pojawiać się język łaciński. W latach, gdy w świątyni brakowało kapłanów unickich, służyli w niej kapłani rzymskokatoliccyJ. Maroszek, Siemiatycze jako ośrodek dóbr ziemskich w XV–XVII w. (do 1801 r.) [w:] . Protokół wizytacji z 1774 wskazuje na pojawienie się w siemiatyckiej parafii nieznanej tradycji bizantyjskiej praktyki odprawiania cichych mszy przy bocznych ołtarzach Chrystusa Zbawiciela, Matki Bożej, św. Paraskiewy i Świętych Piotra i Pawła.
Po III rozbiorze Polski Siemiatycze znalazły się w zaborze pruskim w Prusach Nowowschodnich. Po erygowaniu na ich terenie unickiej diecezji supraskiej parafia siemiatycka znalazła się w jej jurysdykcji i pozostała w niej do 1809. W wymienionym roku dekret cara Aleksandra I (dwa lata wcześniej Prusy Nowowschodnie na mocy traktatu w Tylży przyłączono do Imperium Rosyjskiego) skasował diecezję supraską i włączył jej placówki duszpasterskie powtórnie do diecezji brzeskiej. W Imperium Rosyjskim z Kościoła unickiego stopniowo eliminowano elementy pochodzenia łacińskiego. Unifikacja obrzędowa stanowiła przygotowanie do włączenia struktur unickich do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, co nastąpiło ostatecznie na mocy synodu połockiego w 1839.