Podczas prac polowych znajdowano tu groby skrzynkowe, charakterystyczne dla kultury pomorskiej. W końcu XVI wieku była to wieś królewska Łąg starostwa bydgoskiego, położona w powiecie bydgoskim województwa inowrocławskiegoAtlas Historyczny Polski. Kujawy i ziemia dobrzyńska w drugiej połowie XVI wieku, część II komentarz, indeksy, Warszawa 2021, s. 149.. Od 1596 r. zaznacza swoją obecność osadnictwo olęderskie. Wieś Łęgnowo założono w 1603 r. na prawie olęderskim. Reliktem dawnej zabudowy jest chata pomennonicka z 1768 r. w Otorowie. W XVIII i XIX wieku mieszkańcami tego terenu byli w większości osadnicy niemieccy wyznania ewangelicko-unijnego. W latach 1910–1911 zbudowano kościół ewangelicki oraz cmentarz w centralnym punkcie wsi (nieczynny). Po 1945 r. wysiedlonych Niemców zastąpili polscy osadnicy. Kościół poewangelicki przekazano katolikom, a w 1968 roku erygowano parafię pod wezwaniem Matki Boskiej Królowej Polski. Pierwszym proboszczem został ks. kan. Marian Marchowski.
Stacja kolejowa Bydgoszcz Łęgnowo powstała w 1910 roku – przy dawnym porcie drzewnym.