Jedną z głównych misji 3D jest zdobycie budulca dla Tailsa na nowe statki. Aby dowiedzieć się jakiego budulca potrzebuje Tails, gracz może go odwiedzić w domu Marine w środku Wyspy Południowej. Tam też można zapisać bieżący stan gry oraz rozegrać grę wieloosobową za pomocą DS Download Play. Rozgrywka możliwa jest również za pomocą Nintendo Wi-Fi Connection, gdzie gracz wcielając się w Sonica lub Blaze może ścigać się z innymi lub wziąć udział w bitwie pierścieniowej (ang. Ring Battle), gdzie zadaniem jest zebranie jak największej liczby pierścieni rozsianych po całej mapie.
Zebranie odpowiedniego budulca umożliwia Tailsowi stworzenie jednego z czterech statków: Cyklonu Fal (ang. Wave Cyclone) – roweru wodnego, Tornada Oceanu (ang. Ocean Tornado) – żaglówki, Uderzenia Wody (ang. Aqua Blast) – poduszkowca oraz Głębokiego Tajfunu (ang. Deep Typhoon) – łodzi podwodnej. Podczas wypraw podwodnych postaci sterowanej przez gracza towarzyszy Tails, który uzbraja statek umożliwiając pozbycie się podwodnych wrogów. Istnieje wiele małych wysp, nazywanych Ukrytymi Wyspami (ang. Hidden Islands), które mogą przyczynić się do posunięcia fabuły naprzód lub dostarczyć dodatkowego budulca. Wśród różnych wydarzeń Sonic może spotkać Johnny’ego, co kończy się wyścigiem po jeden ze Szmaragdów Chaosu.