Sonic wyrusza w głąb wyspy w poszukiwaniu budulca (ang. Materials) statku, Tails z kolei rozpoczyna prace przy statku Marine. Po powrocie Sonic zauważa mniejsze i szybsze statki stworzone przez Tailsa i Marine. Cała trójka wypróbowuje nowe statki. Niestety Sonica spotyka niespodzianka, wkrótce napotyka się na inne wyspy oraz na cwaną bandę piratów poszukujących skarbu pod wodzą złowrogiego kapitana Whiskera (ang. Captain Whisker). Planują oni zdobyć skarb oraz łup i nie pozwolą nikomu, nawet Sonicowi, na pokrzyżowaniu ich planów. Dlatego też postanawiają się go pozbyć z wyścigu po klejnoty i skarb.
Niespodziewanie, podczas gonitwy w tym chaotycznym świecie, pojawia się Blaze, która mówi im, że przypadkowo przenieśli się podczas sztormu do jej wymiaru. Okazuje się, że ściga ona Whiskera i postanawia dołączyć do Sonica, Tailsa i Marine, aby uzyskać nurtujące ją pytania. Podczas ich przygody bohaterowie odwiedzają różne wyspy i miejsca w poszukiwaniu wskazówek, powodów obecnej sytuacji oraz możliwości powrotu Sonica i Tailsa do domu.