Pachołek Kwaśniewskich, generał, lekarz wojskowy..Wszystko cudnie! Jeden z policji, drugi z wojska. I mamy komplecik! (...). Dzisiaj to wzruszający moment, ja i moja rodzina zapłaciliśmy bardzo wysoką cenę. Na tej sali honor lekarzy został ocalony. Nie pozwolono go zdeptać.
W okresie prawie czterech lat, od 2007 do 2011 odbyło się 17 rozpraw, w tym rozprawa z sierpnia 2010 Wojskowego Sądu Okręgowego w Warszawie (sędzia Jacek Gurbierz), który całkowicie uniewinnił profesora. Podczas procesu adwokat Marian Jacek Hilarowicz wykazał, że funkcjonariusze służb szantażowali świadków, zmuszali ich do obciążenia profesora, jeździli także po więzieniach (były policjant Paweł Kłoczyński) szukając osób jako oskarżycieli. Razem z profesorem Podgórskim sąd uniewinnił dwóch innych lekarzy, którzy mieli być jego wspólnikami. Jednego lekarza ppłk. Piotra J. sąd uznał winnym, który sam brał pieniądze od pacjentów, a próbował tym obciążyć inne osoby, został skazany na karę więzienia w zawieszeniu i grzywnę. Ponownie do wojska jednak już nie powrócił.