Zainteresowania badawcze Specjalizuje się w badaniach etnopolitycznych regionu andyjskiego (Peru, Ekwador, Boliwia) oraz mezoamerykańskiego (pogranicze meksykańsko-gwatemalskie). Zajmuje się badaniem konfliktów wśród społeczności tubylczych oraz mechanizmami etnorozwoju z perspektyw odgórnych i oddolnych (emic/etic), w skali mikro oraz makro, problematyką narkokultury, narkoprzemocy, narkoterroru i narkoterroryzmu oraz różnej dywersyfikacji tożsamości płci wśród Indianek i Metysek.
Dorobek naukowy mały|Magdalena Śniadecka-Kotarska i laureatka pokojowej nagrody Nobla Rigoberta Menchú Tum (2013) W latach 1993–2016 60-krotnie prowadziła badania terenowe w Ameryce Łacińskiej realizowane w ramach 11 grantów naukowych finansowanych przez: KBN, MNiSW, NCN i KE (w ośmiu z nich jako kierowniczka). W latach 2010–2014 była też polską koordynatorką projektu MISEAL (Medidadas para la Inclusión Social y Equidad en Instituciones de Educación Superior en América Latina) UE programu ALFA III, skupiającego jednostki naukowe z 12 krajów południowoamerykańskich i 4 europejskich (Niemcy, Hiszpania, Wielka Brytania, Polska).
Efektem realizowanych badań terenowych jest m.in. autorstwo 8 monografii i 90 artykułów publikowanych w specjalistycznych czasopismach naukowych w j.