Dowódcą Saugumy w okręgu wileńskim był Aleksander Lileikis.
Szczególną rolę w eksterminacji ludności Wilna i okolic odegrał sformowany na przełomie czerwca i lipca 1941 roku kolaboracyjny oddział specjalny, podporządkowany bezpośrednio wileńskiej placówce SD i policji bezpieczeństwa. Formalnie nosił on niemiecką nazwę Sonderkommando der Sipo und SD i litewską Ypatingasis būrys, natomiast miejscowa ludność określała jego członków mianem „szaulisów” lub „strzelców ponarskich”. W skład oddziału wchodziło 4–5 funkcjonariuszy niemieckich służb bezpieczeństwa, kilku agentów oraz skoszarowane komando policyjne w liczbie 45–150 policjantów. Ci ostatni byli w większości Litwinami, aczkolwiek trafiały się wśród nich także osoby narodowości rosyjskiej lub polskiej. Oddziałem dowodził SS-Hauptscharführer Martin Weiss, którego zastąpił z czasem funkcjonariusz o nazwisku Fiedler. Najwyższymi rangą litewskimi oficerami byli natomiast: Juozas Sidłauskas (od 23 lipca do listopada 1941), Balys Norwaisza (do końca 1943), sierż. Jonas Tumas. Początkowo zakładano, że zadaniem Ypatingasis būrys będzie pilnowanie porządku na ulicach i strzeżenie zakładów przemysłowych.