Sytuacja uległa zmianie na przełomie 1943 i 1944 roku, gdy na terenie Komisariatu zaczęły działać coraz aktywniej partyzantki niepodległościowe Bałtów, Białorusinów i partyzantka sowieckaMironowicz E., Historia Białorusi XX-XXI wieku, Białystok: Fundacja Sąsiedzi, 2021, s. 117..
Obowiązki Komisarza Rzeszy (Reichskommissar) pełnił Hinrich Lohse. Większość niemieckich urzędników Komisariatu stanowili młodzi studenci prawa i powiązanych z nim kierunków, pochodzący ze Szlezwiku-Holsztynu, rodzinnego landu komisarza.
Podział administracyjny Komisariat Generalny Estonia (Generalbezirk Estland) Generalnym komisarzem był Karl Sigismund Litzmann.
Arensburg Dorpat Narva Pernau Petschur Reval-Stadt Reval-Land
Komisariat Generalny Łotwa (Generalbezirk Lettland) Generalnym komisarzem był Otto-Heinrich Drechsler.
Dünaburg Libau Mitau Riga-Stadt Riga-Land Wolmar
Komisariat Generalny Litwa (Generalbezirk Litauen) Generalnym komisarzem był dr Theodor Adrian von Renteln.
Kauen-Stadt Kauen-Land Ponewesch-Land Schaulen Wilna-Stadt Wilna-Land
Komisariat Generalny Białoruś (Generalbezirk Weißruthenien)