Wojna trzydziestoletnia (1618-1648) 23 maja 1618 w Pradze protestanccy parlamentarzyści czescy wyrzucili przez okno katolickich przedstawicieli cesarskich (defenestracja praska). Stało się to bezpośrednią przyczyną wojny domowej pomiędzy Czechami a Cesarstwem, a ściślej pomiędzy Unią Protestancką a Ligą Katolicką (wojna trzydziestoletnia). Po bitwie na Białej Górze 1620 protestanci musieli uciekać z kraju, a ich dobra uległy konfiskacie. Podobny los spotkał Andrzeja Kochcickiego (aresztowany w 1633 i stracony w Wiedniu).
Pożary zniszczyły Koźle w latach 1620, 1626 i 1633. W 1642 Koźle zdobyli i spalili Szwedzi. Podczas wojny trzydziestoletniej większość mieszkańców uciekła do Rzeczypospolitej.
W 1637 król Polski Władysław IV Waza zwrócił się do cesarza Ferdynand III Habsburg z żądaniem spłaty zaległych posagów żon zmarłego Zygmunta Wazy. Ostatecznie w 1645 zawarto porozumienie i na 50 lat do Polski przyłączono księstwo opolsko-raciborskie z dobrami kozielskimi. W 1666 po spłacie zaległego długu księstwo powróciło do Habsburgów.