W XVI wieku, podczas ery walczących prowincji, feudalni władcy w ramach rywalizacji o dominację tworzyli floty przybrzeżne, liczebnościami sięgające nawet kilkuset jednostek. Być może w tym właśnie okresie, gdy Nobunaga Oda, japoński daimyō, zlecił w 1576 r. wykonanie sześciu pokrytych żelaznymi pancerzami dużych okrętów wojennych, skonstruowano jedne z pierwszych okrętów pancernych. W 1588 r. Hideyoshi Toyotomi zakazał piractwa. Wakō zostali jego wasalami i stanowili trzon sił morskich w inwazji na Koreę.
Pierwsze zdolne do wypłynięcia na otwarte wody oceaniczne okręty wojenne powstały w Japonii na początku XVII w. dzięki kontaktom z krajami Zachodu podczas okresu handlu z Nanban. W 1613 r. daimyō z Sendai, porozumiawszy się z siogunami z rodu Tokugawa, wybudował 500-tonowy galeon Date Maru, który przewiózł do Ameryki i Europy misję dyplomatyczną pod przewodnictwem Tsunenagi Hasekury. Począwszy od 1604 siogun zamówił, głównie na potrzeby handlu z Azją Południowo-Wschodnią, łącznie około 350 uzbrojonych statków handlowych, w większości korzystających z zachodnich rozwiązań konstrukcyjnych.