Po śmierci Ludwika XI w 1483 r. Franciszek wszedł w przymierze z wewnątrz-francuską opozycją – księciem Orleanu i hrabią d’Angoulême, którzy występowali przeciwko rządom regentów w imieniu Karola VIII. Regentami byli Anna de Beaujeu (siostra króla) i jej mąż Piotr II de Burbon. Anna i Karol doprowadzili w tej sytuacji do wojny domowej w Bretanii, której ofiarą stał się Landois, powieszony przez tłum. Zaufanie społeczne utracił też Franciszek, aczkolwiek w 1486 r. stany bretońskie uznały następczynią tronu jego córkę Annę.
W 1487 r. Franciszek podpisał z Francją traktat w Chateaubriant, w którym strona francuska gwarantowała bretońską niepodległość. Francuzi jednak wciąż dążyli do podporządkowania sobie Bretanii, więc Franciszek sprzymierzył się z arcyksięciem Maksymilianem Habsburgiem, któremu obiecał rękę swojej córki. Wywołało to krótką wojnę z Francją. 28 lipca 1488 r. Bretończycy ponieśli klęskę pod Saint Aubin du Cormier. 10 sierpnia Franciszek musiał podpisać traktat w Verger i złożył hołd lenny Karolowi VIII.