Była to jednak funkcja fasadowa, niewiążąca się z realną władzą, z czego Fredo zdawał sobie sprawę, czując się upokorzonym i pomijanym przy podejmowaniu kluczowych decyzji.
Niezadowolenie Freda wykorzystali wrogowie rodziny – Hyman Roth i jego prawa ręka, Johnny Ola. Obiecując Fredowi korzyści majątkowe i większą niezależność, nakłonili go do współpracy. Fredo dostarczył im informacji, które umożliwiły przeprowadzenie zamachu na Michaela w jego domu w Lake Tahoe. Spisek został jednak wykryty przez Michaela, a Fredo zmuszony był do ucieczki.
Podczas czystek wrogów rodziny Michael spotkał się z bratem. Po uzyskaniu informacji o kulisach zdrady, Michael wyrzekł się Freda, oświadczając, że nie uważa go już za brata.
Śmierć Fredo pozostawał w izolacji do śmierci matki, Carmeli Corleone. Na jej pogrzebie, za namową siostry Connie, doszło do pozornego pojednania braci. W rzeczywistości wyrok na Freda został jedynie odroczony przez Michaela ze względu na szacunek dla matki.
W 1959 roku Fredo został zastrzelony przez caporegime rodziny, Ala Neriego, podczas wędkowania na jeziorze Tahoe.