W 1900 uzyskał nagrodę Unny za badania elastyny i zmian zwyrodnieniowych skóry. Najważniejsze prace dotyczyły jednak morfologii krętka bladego, które ukazały się wkrótce po jego odkryciu przez Schaudinna i Hoffmanna, poprzedzonym nieudanymi próbami wielu badaczy.
Znakomite prace Krzyształowicza oparte na rozmaitych technikach barwienia i obserwacji ruchów krętków były publikowane z biologiem Siedleckim już w 1905 oraz w monografii Morfologia krętka bladego wydanej w 1908 w Paryżu. W 1906 Krzyształowicz został tytularnym profesorem przy Katedrze Dermatologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie prowadził wykłady z zakresu histologii i bakteriologii skóry.
Po śmierci Reissa w 1916 został kierownikiem Kliniki Krakowskiej. W Krakowie pozostawał do 1919, kiedy uzyskał nominację na pierwszego kierownika nowo utworzonej kliniki Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Pracę w Warszawie rozpoczął od przebudowy Kliniki na terenie dawnych koszar carskich. W 1920 został wiceprezesem Polskiej Akademii Nauk Lekarskich i członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. W 1920 został także współzałożycielem Polskiego Towarzystwa Dermatologicznego i jego wiceprezesem, a w latach 1927–1930 prezesem. W 1924/25 był rektorem Uniwersytetu Warszawskiego.