Budowa potężnej wieży. 1516 Zakończenie budowy sklepień. 1521 Pożar wnętrza wieży kościelnej. 1557 Rada miejska przekazuje kościół luteranom, którzy stają się dominującym wyznaniem w Gdańsku. 1579 Zburzenie kaplic Trzech Króli, św. Tomasza, 11000 Dziewic, św. Jerzego, św. Anny i N.M.P. 1589 pierwsze nabożeństwa kalwińskie w języku polskim; dominuje niemiecki i niderlandzki 1590 Zdjęcie figury N.M.P. z ołtarza głównego przez kalwinistów. 1622 Obiekt staje się główną świątynią gdańskich kalwinistów; kościół zostaje dostosowany do ich kultu. 1626 Wojcich Niclassus powołany jako pierwszy stały polski kaznodzieja 1642 Gerard Benning znakomity ludwisarz gdański wykonuje dla kościoła dzwon „TUBA DEI”. 1656–1682 Prace konserwacyjne. 1688 kościół zostaje udostępniony na nabożeństwa kalwińskie po francusku dla hugenockich uchodźców religijnych z Francji. 1707 likwidacja stanowiska polskiego kaznodziei, choć nabożeństwa po polsku sporadycznie będą się odbywać do końca XVIII wieku 1734 Podczas oblężenia Gdańska przez wojska rosyjskie do wnętrza kościoła wpada pocisk. 1769 Powstają wielkie organy. 1807 Podczas oblężenia Gdańska przez Francuzów świątynia zostaje ostrzelana i poważnie uszkodzona. 1807–1817 Kościół zamieniono na magazyn siana i słomy. 1813 Podczas oblężenia miasta przez wojska rosyjskie i pruskie obiekt