Był wykładowcą „latającego” uniwersytetu ludowego w diecezji przemyskiej, członkiem opozycyjnego Klubu Myśli Politycznej „Dziekania” oraz członkiem zespołu niezależnych historyków pod patronatem Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W latach 1986–1989 redagował niezależne pismo „Rola Katolicka”, wydawane pod patronatem biskupa Ignacego Tokarczuka.
W wyborach parlamentarnych z 4 czerwca 1989 został wybrany na senatora I kadencji z ramienia Komitetu ObywatelskiegoObwieszczenie Państwowej Komisji Wyborczej z dnia 8 czerwca 1989 r. o wynikach głosowania i wynikach wyborów do Senatu Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej przeprowadzonych dnia 4 czerwca 1989 r. ().. W 1991 uzyskał reelekcję do Senatu II kadencji z listy POC (jako przedstawiciel Porozumienia Centrum). W Senacie reprezentował województwo przemyskie. 1 czerwca 1990 został powołany na stanowisko wojewody przemyskiego. Stał się pierwszym po przemianach niekomunistycznym wojewodą w tym województwie (zastąpił Andrzeja Wojciechowskiego). Jego zastępcą, powołanym 1 marca 1990, był Wiesław Winiarz, zajmujący stanowisko wicewojewody. 28 października 1992 Jana Musiała odwołano ze stanowiska wojewody.