Po pierwszej turze wyborów ChLPU podpisała porozumienie z koalicją partii i bloków popierających Wiktora Juszczenkę.
W wyborach parlamentarnych w 2006 Łeonid Czernowiecki znalazł się na wysokim miejscu listy Bloku Nasza Ukraina. Jednocześnie jego partia formalnie wystartowała w ramach innej listy (Bloku NDP). Sam deputowany jako niezależny wziął nadto udział w wyborach na mera Kijowa. Wynik 32% pozwolił mu objąć to stanowisko i pokonać Witalija Kłyczkę oraz dotychczasowego mera Ołeksandra Omelczenkę (jednocześnie formalnego kandydata Naszej Ukrainy na ten urząd). Czołówka listy wyborczej do rady miejskiej została obsadzona w znacznej mierze kandydatami z rodziny Łeonida Czernowieckiego oraz osobami związanymi z jego licznymi przedsięwzięciami biznesowymi.
W trakcie urzędowania wzbudzał pewne kontrowersje, m.in. wynikające ze sponsorowania protestanckiego kościoła Ambasada Boża, założonego przez nigeryjskiego pastora Sundaya Adelaja. Część ukraińskich polityków (m.in. związanych z Julią Tymoszenko) dążyła do jego odwołania.