Od 1964 r. członek Polskiego Towarzystwa Historycznego – Oddział w Lublinie, a także członek Polskiej Akademii Nauk (m.in. przewodniczący Komisji Nauk Pomocniczych Historii Komitetu Nauk Historycznych oraz Komisji Nauk Pomocniczych Historii, Źródłoznawstwa i Edytorstwa Komitetu Nauk Historycznych). Był także członkiem-założycielem Polskiego Towarzystwa Heraldycznego.
Główne zainteresowania badawcze Józefa Szymańskiego stanowiły nauki pomocnicze historii (podstawy metodologiczne, dzieje pisma), chronologia, heraldyka, epigrafika, kodykologia), dzieje społeczne średniowiecznej Polski (szczególnie rola Kościoła) i edytorstwo historyczne.
W 2002 roku został wyróżniony jako Honorowy Obywatel Miasta Sandomierza.
Pochowany został na Cmentarzu Komunalnym w Lublinie (sektor P4KH-2-6). mały|Grób prof. Józefa Szymańskiego na cmentarzu przy Lipowej
Ważniejsze publikacje Kapituła kolegiacka w Wojniczu 1465 – 1786 (Lublin 1962), Nauki pomocnicze historii (Lublin 1968), Nauki pomocnicze historii.